Pieter Johannes Marie de Bruin werd op 1 februari 1868 in Voorschoten geboren als zoon van Pieter de Bruin (1831-1912) (kruidenier) en Jannetje Kranenburg (1833-1912). In de Nederlandse Hervormde Kerk van Voorschoten, waar hij werd gedoopt, stond destijds ds. J.J. Sluyter, een vriendelijk en goedhartig man, maar die in de leer zo ver ging, "dat hij zijn catechisanten voorhield, dat er geen hel was en zo die er al geweest mocht zijn, nu al lang was uitgebrand."[*] Het evangelie werd volgens hem voorgesteld in de gelijkenis van de verloren zoon, 'waarin een berouwvol zondaar tot het vaderhuis terugkeert en de lieve en goede Vader hem dan aanneemt zonder een middelaar te eisen.'[*] Hoewel zijn ouders zich schikten onder de liberaal-evangelische boodschap van ds. Sluyter, in het voorgeslacht was het anders geweest. Dit bracht De Bruin tot de waarschuwende uitspraak tegen zijn kinderen: "Genade is geen erfgoed. De Heere slaat weleens een geslacht over om in een volgend geslacht zijn genade te verheerlijken."

Pieter bleef enig kind, een broertje en twee zusjes zijn vroegtijdig overleden. Later kon hij zich nog goed herinneren, hoe hij aan de hand van zijn vader aan het graf van zijn jongste zusje stond. Dat was op 5 juni 1873. Zijn eerste godsdienstige indrukken deed hij op in zijn vroege jeugd, op de bewaarschool in zijn geboorteplaats Voorschoten. Een vriendin van de juffrouw die af en toe de school bezocht, wees de kinderen op de Heere Jezus 'als de enige zaligmaker van zondaren.'[*] Een tijdlang waren deze indrukken echter van hem geweken en leefde hij zorgeloos verder. Na het doorlopen van de lagere school bezocht hij, ter voorbereiding op het overnemen van de zaak van zijn ouders, de Hogere Burger School (HBS) in Leiden. De Bruin behaalde goede resultaten en was bedreven zowel in alfavakken (geschiedenis, letterkunde e.d.) als bètavakken (wiskunde en natuurwetenschappen). Toch bracht dit leven hem geen ware vrede. Waar hij wel toe aangetrokken werd waren een tweetal ooms, Johannes (1837-1911) en Willem (1841-1912) de Bruin, die tot een geestelijke verandering waren gekomen.[*] Beiden konden het onder de prediking van ds. Sluyter niet meer uithouden, en in een koestal tussen Voorschoten en Wassenaar lieten zij christelijke gereformeerde predikanten preken. "Daar kon men het aloude evangelie beluisteren, zoals dat in de dagen van de Afscheiding ook gehoord werd." Op de boerderij van zijn oom Johannes, in de nabijheid van Voorschoten, werden gezelschappen gehouden waarbij Pieter vaak als stille toehoorder aanwezig was. De vraag: "hoe zal ik rechtvaardig verschijnen voor God?" begon hem bezet te houden.

Tot een radicale nieuwe levenskeus kwam het in februari 1887. De Bruin ging zoeken naar een kerk waar hij een zuivere prediking kon beluisteren. Zo kwam hij terecht in de Christelijke Afgescheiden Gemeente van Leiden aan de Herengracht, bij ds. J. Holster. Deze predikant is voor velen in Leiden "door de Heere tot een eeuwige zegen gesteld en het volk des Heeren werd gebouwd onder zijn prediking," aldus De Bruin.[*] Hij beschouwde hem als zijn "oude geliefde leermeester en geestelijke vader." Nooit zou hij vergeten welk een zegen hij "onder de getrouwe bediening van ds. Holster mocht ontvangen." Nadat de Bruin werkzaamheden gekregen had met het predikambt, kon hij ondanks alle bezwaren in 1889 als student aan de Theologische School in Kampen worden ingeschreven. 

Toch was dit voor De Bruin nog niet het moment om de Christelijke Gereformeerde Kerk te verlaten of aansluiting te zoeken bij andere meer bevindelijke groeperingen zoals de Ledeboerianen, waar hij met open armen zou zijn ontvangen. De Bruin onderkende het verval wel, maar was een door en door kerkelijk man. Onder de gereformeerde belijders is altijd een stroming geweest die vervielen tot uitwassen. Vervolging of vormendienst bracht zelfs de meest trouwe belijders tot het independentisme. Alle classicale en synodale verbanden werden door hen over boord geworpen. Zij zagen het kerkelijk verband als oorzaak van alle ellende. De Bruin wees dit af "wars van alle Independentisme, waarvoor Art. 36 D.K.O. ons behoedt, maar met erkenning van de autonomie der plaatselijke gemeenten, volgens Art. 84 D.K.O." Later zou hij ook het recht van de meerdere vergaderingen verdedigen als op plaatselijk niveau de kerkenraad zich niet wil houden aan genomen besluiten die op classicaal of synodaal niveau zijn genomen. [*]

In zijn worsteling met de toestand van de kerk oriënteerde hij zich op de geschriften van Nadere Reformatoren, waaronder Jacobus Koelman. De Bruin kwam tot de overtuiging dat de Christelijke Gereformeerde Kerk (1869) de wettige voortzetting was van de gereformeerde kerk in Nederland sinds de reformatie. Zijn kerkelijk standpunt hing sterk samen met het beginsel van de Afscheiding van 1834. Een gebezigde uitspraak van hem werd: Ik ben van '34.[*] Velen zijn bij voorbaat tegen alle afscheiding maar De Bruin zegt dat we dan consequent terug moeten gaan naar de Rooms Katholieke Kerk: "Evenmin als Ds. de Cock dacht Luther [aanvankelijk] aan afscheiding van de Roomse Kerk. Maar de Roomse Kerk wierp hem uit en met het verbranden van de pauselijke bul scheidde Luther zich finaal van Rome af. Hij brak geheel met een Kerk, die de gelovigen vervolgt en de zuivere prediking van het Evangelie haat, en al roept Rome luidt dat men zich niet van de kerk mag afscheiden, Luther scheidt zich af van de Kerk, welke hem gebleken is de ware Kerk niet meer te zijn. Wie zal durven beweren dat dit werk niet uit God is? Ieder erkent dat als een werk Gods, waar zovelen de dwalende Roomse Kerk verlieten en haar vaarwel zeiden. De vaderen van de reformatie deden niet anders dan wat artikel 28 van onze geloofsbelijdenis eist, namelijk zich afscheiden van de valse Kerk." Vervolgens haalde De Bruin andere voorbeelden aan vanuit de kerkgeschiedenis van Engeland en Schotland. De conclusie moet zijn: "Dat de daad van ds. H. de Cock, zich af te scheiden van het liberale of Hervormde Kerkgenootschap, om alzo te blijven bij de Gereformeerde leer en Kerk, niet een enige daad in de kerkgeschiedenis is. De mannen der Hervorming, zowel als vele getrouwe en godzalige mannen in Engeland en Schotland deden reeds vóór hem hetzelfde."[*]

L. B. te H, vraagt: "Een lid van de Hervormde kerk verdedigde zijn blijven in de Hervormde kerk, ondanks al het verkeerde in die kerk met een beroep op de Heere Jezus, die ondanks het verval in de Joodse kerk, zich niet van dezelve afscheidde. Is deze verdediging gegrond? Deze verdediging is er met recht één uit de oude doos. Reeds vanaf de scheiding heeft men Jezus' verblijf in de Joodse kerk als grond voor niet-afscheiden van Hervormde zijde opgeworpen. Zo prachtig is deze verdediging reeds weerlegd door ds. Kreulen, u wel bekend, in zijn Apologie, door hem en de predikanten Pieters en van der Werp opgesteld. In die Apologie lezen wij: "Al verder heeft men de afgescheidenen gewezen op het gedrag van Christus en Zijn apostelen, die de tempel - hoe bedorven de Joodse kerk destijds ook mocht zijn, maar niet verlieten. Ons antwoord hierop kan kort zijn. In de eerste plaats dient hierbij opgemerkt te worden, dat zo lang de oude huishouding (de Oudtestamentische bedeling) niet door de nieuwe was vervangen en de Mozaïsche tempel- en offerdienst niet was afgeschaft, - welke rechtens staan bleven tot op de dood van Christus - er dus geen afscheiding mogelijk was. En waarom was geen afscheiding mogelijk onder de Oudtestamentische bedeling, onder welke Christus en de Apostelen tot de Pinksterdag leefden? Eenvoudig, omdat onder die bedeling Israëls kerk en burgerstaat één waren. Nu zijn Kerk en Staat gescheiden. Door op te houden lid van een kerk (welke ook) te zijn, houdt men niet op Nederlander te zijn. Onder Israël was dat anders. Wie besneden was, was daarmede lid van de Joodse kerk en tevens burger in Israël. Wie zich dus onder de oude bedeling afscheiden wilde van de Joodse kerk, hield daarmede op burger van Israëls staat te zijn. Dit laatste kon men niet of men moest het land Israël verlaten en onder de heidenen gaan wonen. Afscheiding was dus onmogelijk van Israëls kerk, want daarmede hield men dan op burger Israëls te zijn. Toen echter door de verwerping van de Messias Israëls burgerstaat ten onder zou gaan, leidde de Heilige Geest op de Pinksterdag de Christelijke kerk uit de Joodse uit en ontstond de Afscheiding van het vervallen Jodendom. Wel bleven de Apostelen nog prediken in de Tempel en in de Synagogen, maar dit was niet om hun eenheid met de Joodse kerk te betuigen, maar omdat zij daar het best gelegenheid vonden om het Evangelie aan het volk te prediken. Eerst als de Synagogen voor hen gesloten werden, gingen zij in particuliere huizen. Werpt men ons nog tegen: Maar Christus bleef toch in de Tempel en in de Synagogen prediken, welnu daartegen hebben wij geen bezwaar. Als de Hervormden willen toestaan wat de Joodse raad aan Christus toestond, dan willen wij ook wel in hun kerkgebouwen het Evangelie verkondigen en met onze gemeenten vergaderen als afgescheidenen van het genootschap; evenals Christus kon spreken van de Tempel als het huis Zijns Vaders, zo zeggen ook wij dat die gebouwen ons als de historische voortzetting der aloude Geref. Kerken zelfs toekomen.
P.J.M. de Bruin

Op 17 juni 1892 scheen het echter plotseling met de Christelijke Gereformeerde Kerk gedaan te zijn. Bij velen heerste een opgetogen stemming, maar het hart van De Bruin was treurig. Velen die hij hoogachtte gingen met de vereniging van 1892 mee, waaronder ds. Holster, en ook de docenten van Kampen Bavinck, Noordtzij, Wielinga en Lindeboom capituleerden. In 1902 werd Bavinck met zijn collega P. Biesterveld alsnog ingewonnen voor de Vrije Universiteit.

Wie niet meeging was ds. J. Wisse.[*] Deze schonk klare taal: "Niemand make zich van hen enige illusie meer! De verkoop is geschied, en de levering er bij. Alle napraten is slechts tijdverlies. Vandaag dolerend, morgen katholiek. Als de voormannen er maar heil in zien!" Ds. F.P.L.C. Van Lingen[*] plaatste in het blad 'Het Wekkertje' een oproep om samen te komen in het Militair Tehuis in Utrecht. Hierop kwamen op 20 juli 1892 54 mannenbroeders bijeen die allen met een handtekening verklaarden leden van de Christelijke Gereformeerde Kerk te blijven. De Bruin had deze bijeenkomst niet durven bijwonen uit angst gezien te worden. Toch schreef hij kort hierna een briefje: "Na rijp beraad ben ik tot de overtuiging gekomen, dat ik mij niet mag neerleggen bij het besluit tot vereniging, door de Synode in juni. Daar dit thans onherroepelijk bij mij vaststaat, dat ik niet mee mag gaan met de verenigde 'Gereformeerde Kerken' bedank ik als student der Theologische School te Kampen." In augustus 1892 kon De Bruin zijn studie voortzetten bij ds. J. Wisse Czn. in Den Haag. De notulen van de eerste synode van de (voortgezette) Christelijke Gereformeerde Kerk, gehouden op 3 en 4 Januari 1893 vermelden het volgende: "Ds. Wisse [deelt] mede, langs welke weg hij met de heer De Bruin, Theologisch student in aanraking gekomen is en hoe die kennismaking er toe heeft geleid, dat de heer De Bruin, die met de vereniging der kerken van Juni 1892 niet heeft kunnen medegaan en mitsdien ook niet te Kampen kon blijven studeren, voorlopig onder zijn leiding de studiën voortzet. De vergadering spreekt hierover haar hartelijke goedkeuring uit en nodigt ds. Wisse uit met die arbeid voort te gaan. Z. Eerw. neemt dit bereidwillig op zich."

Op de synode in augustus 1893 werd De Bruin geëxamineerd. Nadat een commissie van 7 personen bestaande uit de predikanten ds. Van Lingen, ds. Wisse, ds. Wessels en ds. Kreulen, en drie ouderlingen, Notebaart, Renkema en J.H. Wessels hem vragen hadden gesteld over de exegetische, dogmatische, historische en praktische vakken hield De Bruin een preek over een tekst die hem vier uur daarvoor was opgegeven. Markus 16: 15: "Gaat heen in de gehele wereld, predikt het Evangelie aan alle creaturen". "Over die tekst sprak ik ongeveer een half uur van een schets en met zoveel gemakkelijkheid, dat het mij speet, door de voorzitter afgeklopt te worden." Ook werden vragen gesteld m.b.t. genadestaat en roeping: "Met veel leven in mijn ziel mocht ik toen spreken van de opzoekende en vrijmachtige liefde Gods aan mij bewezen en ook van de wijze, hoe de Heere mij geleid had tot de beslissing, om in 1892 niet met de vereniging van de kerken mee te gaan. Later verzekerde ouderling A. Jansen van Arnhem mij, dat de Heilige Geest kennelijk in het midden was. Dat kon ik ook niet ontkennen, daar mijn hart tintelde van zielenvreugd, dat ik de daden des Heeren mocht verkondigen. Dat examen, waartegen ik zozeer had opgezien, dat mij zoveel gebed had veroorzaakt, en dit al zuchtend was tegemoet gezien, werd voor mij een avond, waarin de Heere duidelijk Zijn belofte vervulde, dat Hij het mij in de ure, waarin het nodig was, aan niets zou doen ontbreken." "Na korte onderbreking deelde de voorzitter, ds. F.P.L.C. van Lingen, onder zeer hartelijke bewoordingen mij mede, dat ik met volle vrijmoedigheid door de Synode tot de heilige bediening des Woords en der sacramenten was toegelaten." Vanwege de nood van de gemeenten werd De Bruin verzocht voorlopig geen beroep in overweging te nemen. Op 30 augustus 1893 vond een bevestiging plaats door ds. Wisse in Den Haag. Vandaar zou hij alle gemeenten als reizend predikant gaan dienen. De Bruin bereisde het hele land en heeft zo veel bijgedragen aan de opbouw van het kerkverband. De Bruin kreeg binnen het kerkverband een vooraanstaande rol. Zelfs werd hij door de synode van 1897 gekozen als voorzitter.

De Bruin liet een onvervalst geluid horen en onderscheidde scherp het christelijk-gereformeerde beginsel van de neo-gereformeerde richting. Hij heeft de Christelijke Gereformeerde Kerk in de toenaderingspogingen van de Gereformeerde Kerken altijd gewaarschuwd voor de fuik. Naast het gevaar van intellectualisme en objectivisme, waarschuwde hij ook voor onschriftuurlijk mysticisme en subjectivisme. Hij liet zien dat uitersten elkaar raken. Hij signaleerde al vroeg allerlei ontwikkelingen in de Gereformeerde Kerken waaruit het verval bleek. Het begint met aanpassing van de prediking, daarna volgt uitbreiding van de liturgie en tenslotte is de gemeente de hele vaste bodem van de rechtzinnige gereformeerde leer kwijt. Men komt (opnieuw) open te staan voor allerlei remonstrantse en roomse dwalingen. "Onder de titel 'vrijwillige armoede' verscheen een brochure, waarvan de schrijver (..) nog jong is, althans hij noemt zich een twijg of jongtakje, terwijl uit de inhoud blijkt, dat hij zich schaart aan de zijde van het jonge geslacht van predikanten in de ''Gereformeerde kerken'' dat graag naast onze psalmen een bundel gezangen zag ingevoerd. Schrijver meent, dat de tegenstand tegen een gezangenbundel voornamelijk zijn oorzaak vindt in onbekendheid. [De schrijver] wil dan een veertigtal gezangen uit de ''Evangelische gezangen'' uitkiezen en als gezangenbundeltje in de ''Gereformeerde kerken'' ingevoerd zien. Bij aandachtige lezing van die veertig, door hem genoemde gezangen, blijkt echter duidelijk, dat zij, om met ds. H. de Cock van Ulrum te spreken, zeer geschikt zijn "om de gemeente al zingend van de Gereformeerde leer af te voeren."

De Bruin besteedde in De Wekker ook aandacht aan allerlei actuele kwesties. Op 9 augustus 1903 vond in de Sint-Pietersbasiliek tijdens een plechtigheid in Rome in aanwezigheid van meer dan vijftigduizend mensen onder luid gejuich de kroning plaats van Pius X onder de volgende bewoordingen: "Ontvang de tiara met de drie kronen, en weet dat gij de vader van de prinsen en de koningen zijt, de rechter van de wereld en de plaatsvervanger van Onze Heer Jezus Christus, aan wie alle eer is verschuldigd, in alle eeuwen der eeuwen!" In zijn eerste encycliek van 4 oktober 1903, schetste de Paus de grote lijnen van zijn programma dat hij wilde toepassen op heel de katholieke wereld: alle aspecten van het leven van de Kerk herstellen om de ver van Christus' wijsheid afgedwaalde menselijke samenlevingen terug te brengen tot gehoorzaamheid aan de [Rooms-Katholieke] Kerk; de Kerk, op haar beurt, zal ze onderwerpen aan Christus, en Christus aan God." De Bruin schreef er het volgende over: "Van af die tijd [het pausdom in betekenis toenam] vermenigvuldigden de dwalingen in het bijzonder in de Roomse kerk, en klom de macht en het aanzien van de pausen aan wie afgodische eer werd bewezen. Zelfs nu, na de dood van Leo XIII, Pius X tot paus is gekozen, kwamen al de kardinalen en bogen zich voor hem neder om zijn voeten te kussen. Met recht heeft Gregorius, aan wie de Roomse kerk nog haar Gregoriaans kerkgezang heeft te danken, de paus of algemeen bisschop een voorloper van de Antichrist genoemd. Zo buigt het Roomse bijgeloof zich voor een mens, het protestantse modernisme voor de door de zonde verduisterde rede, en het materialisme voor de stof. Gelukkig zij, die in onze tijd van on- en bijgeloof zich in geest en waarheid buigen voor de Enige Waarachtige God en Vader van de Heere Jezus Christus. Pius IX sprak op 18 juli 1870 uit: "Wij leren en verklaren voor een goddelijk leerstuk dat de paus, wanneer hij in zijn ambt van algemeen bisschop spreekt, met die onfeilbaarheid toegerust is, met welke de goddelijke Verlosser Zijn kerk bij de vaststelling van de leer aangaande geloof en wandel heeft willen toerusten en dat derhalve al zulke bepalingen van de paus uit zich zelf onomstotelijk en onfeilbaar zijn. En zo wanneer iemand het wagen mocht deze onfeilbaarheid tegen te spreken, die zij vervloekt." (..) "Welk een verschil tussen dit godslasterlijk getuigenis van de paus, die zijn wereldlijk gezag in 1870 moest loslaten, en de bisschop te Rome die zich een knecht van Gods knechten noemde. Maar nog groter het verschil tussen de paus die deze week met de driedubbele kroon werd gekroond, en de man die eenmaal te Rome in een gehuurde woning, geboeid aan de arm van een soldaat die hem bewaarde, het zuivere Evangelie van vrije genade verkondigde en het zo treffend schoon naar de gemeente te Rome schreef: Tracht niet naar de hoge dingen, maar voegt u tot de nederige, want ook Christus heeft zich zelven niet behaagd, maar gelijk geschreven is: de smadingen dergenen, die U smaden, zijn op Mij gevallen. Hoe ver week Rome en het pausdom af van de waarheid der Heilige Schrift!"